En 1600 había en Popayán, más de doscientas reliquias entre custodias, copones, sagrarios, expositorios, coronas, cáliz de oro y plata dorada, guarnecidas de manera exagerada con piedras preciosas donadas por la gente a la iglesia. Según el inventario de la sede arzobispal, había 102 custodias en el siglo XVIII; cuando se creó el Museo Arquidiocesano de Arte Religioso en 1979, sólo aparecieron 12, las demás se perdieron, al punto que hoy se cree que los terremotos, ruinas y pestes que azotan a la ciudad, son el castigo al sacrilegio de algunas familias que hurtaron las piezas santificadas.

El Valle de Pubén, era una meseta rodeada de minas de plata, oro y metales preciosos, por cuyo magnetismo lo asolaban las tormentas eléctricas, para muchos de los pobladores, reclamos del diablo, por las excentricidades de los hacendados españoles que con lujuriosas faenas mancillaban la honra de campesinas y esclavas bajo su dominio. Para expiar sus culpas, creyeron que, donando sus joyas, construyendo iglesias y trayendo comunidades religiosas a vivir a la ciudad el clima mejoraría.

Por la encarnizada lucha con el partido liberal, por la educación laica, a la que relacionan con los masones, ateos y rojos revolucionarios, impulsada por Los Liberales, partido contrario a la moral cristiana, en los pulpitos defendían al conservatismo que representaba el bando de lo sacro, de los creyentes, de los moralistas y defensores de la sociedad cristiana.

El día 4 de junio de 1868, fue robada la custodia de la catedral de Popayán de 64 centímetros de alto, cuyo sol de oro macizo rematada en una cruz con esmeraldas. En su base estaban incrustadas las 4 esmeraldas gotas de aceite más grandes, jamás vistas en el nuevo reino de granada. Los ladrones entraron encapuchados al palacio arzobispal, ataron a los monjes que la custodiaban y la sacaron sigilosamente por una de las ventanas que da al parque de Caldas, antes que el reloj sin minutero de la torre, marcara las doce de la noche.

Cuatro días después el obispo Carlos Bermúdez, recibe una carta anónima donde los delincuentes confiesan el crimen y prometen devolver lo hurtado. Pasaron los días y clandestinamente fue devuelta la custodia faltando buena parte del pedestal, por lo cual el obispo Bermúdez el 16 de junio decide declarar la excomunión en contra de los ladrones y sus colaboradores por no resarcir completamente lo robado y con ello su falta. Al final de la excomunión dice: “No duden que sólo el infierno es superior a este castigo a donde caminaran con pasos apresurados si permanecen en la obstinación, tengan presente que no volverán a disfrutar un solo instante de tranquilidad en su interior, que llevarán a todas partes un gusano roedor que les devorará las entrañas.

El obispo Bermúdez quería llevar la custodia a Roma a venderla y conseguir los recursos para traer los religiosos que regentarían el seminario. Consciente de que no podía vender la custodia debido a la oposición general de feligreses y del Capítulo metropolitano, aprovechó una audiencia con el Papa Pio IX el 28 de enero de 1870 para exponerle las necesidades de la diócesis y pedirle permiso para la venta. Pio IX aprueba con la condición de que dicho dinero se emplearía exclusivamente en el seminario y en reparar la catedral.

Con la ayuda del cónsul de Chile en Roma, Bermúdez logra obtener 41.129 francos en la venta de las piedras del sol de la custodia, y por el oro 25.731 francos, para un total de 66.860 francos de los cuales se descontaron el desmonte de las piedras, el avaluó, las pruebas del metal, y otros gastos derivados de la venta. Ya con el dinero, Bermúdez envía carta al Superior de los Vicentinos en París para solicitarle el envió de algunos sacerdotes a la diócesis de Popayán.

El ambiente cotidiano en que se movía el obispo en Popayán no era tranquilo. La noche del 7 de marzo de 1875, concluida una reunión de liberales de la sociedad Democrática de Popayán, algunos de sus miembros, ya ebrios, procedieron a insultar al Obispo Bermúdez con arengas y gritos de “¡muera la religión! y tiros de revolver que disparaban sobre sus ventanas”. Los liberales exaltados por el triunfo en las elecciones insultaban al obispo y al clero en general, arengando “muera el ladrón de la custodia para traer mujeres”.